Территория Северо-Восточного Кавказа является регионом исключительного разнообразия рельефа и редких природных контрастов. Приморская низменность, состоящая из обширных просторов Терско-Сулакского междуречья на севере, тянется узкой полосой вдоль берега моря. Полоса предгорий шириной от 20 до 50 км, изрезанная обширными речными долинами, на отдельных участках близко подходит к морю, и приморскими полосами сужается до 2-3 км.
Своим географическим положением этот регион, и главным образом Прикаспийская низменность, с древнейших времён выступал связующим звеном между Юго-Восточной Европой и странами Закавказья и Востока. Постоянная борьба за овладение прикаспийским регионом и особенно торговым путём, который проходил по берегу моря, имело зачастую решающее значение в исторических судьбах населяющих его народов.
В далёком прошлом многие поселения располагались в наиболее благоприятной в природно-климатическом отношении зоне Южного Дагестана на Приморской низменности. Обычно эти поселения занимают вершины небольших естественных холмов, однако некоторые поселения представляют собой зольные холмы, возникшие на месте старых разрушенных построек (об этом говорит мощный слой строительных остатков и зольных прослоек). Выявлен целый ряд поселений, относящихся к куро-аракской энеолитической культуре.
Уже в более позднее время, когда Дербентский проход превратился в арену военных столкновений, вблизи того района, где обнаружены энеолитические поселения, существовали населённые пункты, имевшие кроме естественных склонов холмов и искусственные оборонительные валы и стены.
Выявленные в приморских районах Южного Дагестана энеолитические поселения свидетельствуют, что эта территория была заселена уже в Ш тысячелетии до н.э.
До 70-х годов XX века на основании сведений древних авторов, сохранившихся надписей и анализа архитектурных сооружений было принято считать, что история Дербента насчитывает около полутора тысяч лет.
В начале 1970-х годов в результате широких археологических исследований на вершине Дербентского холма, значительная часть которого занята мощной цитаделью города сасанидской поры, под многометровыми культурными напластованиями средневекового периода были вскрыты остатки древнего укреплённого пункта, появившегося здесь задолго до распространения власти Сасанидского Ирана на Дербентский проход. Разведочные раскопы в цитадели города выявили культурные напластования средневекового, сасанидского, албано-сарматского и скифского времени.
Древнейшее поселение возникло на Дербентском холме ещё на заре бронзового века (к IV-III тысячелетия до н.э.) и занимало всю северо-восточную часть его вершины. Древние обитатели умело использовали для защиты очень благоприятный рельеф местности, крутизну склонов Дербентского холма и глубокое ущелье. Естественные преграды были дополнены подтёсыванием краёв вершины холма для придания им неприступной вертикальности. Обитатели поселения жили в турлучных домах (дома с плетёнными деревянными каркасными стенами, обмазанными глиной) с глинобитными домнами и напольными очагами.
Выявленные раскопами материалы свидетельствуют, что уже в VIII-VII веках до н.э. на территории, позднее застроенной раннесредневековой цитаделью, существовало укреплённое поселение площадью 14-15 га.
В это время здесь был основан мощный укреплённый пункт, который существовал и развивался, господствуя над проходом, вплоть до Сасанидского проникновения и возведения здесь нового типа оборонительных сооружений, воспринявших планировку древних укреплений Дербента.
Этот мощный опорный пункт возник на базе поселения предскифского времени, сменившего здесь в IX-VIII вв.до н.э. более древнее поселение бронзового века. Слой IX века до н.э. непосредственно не связан с фортификационными сооружениями Дербента, с возникновением его как опорного пункта, крепости, контролировавшей «ворота». Это происходит, начиная с раннескифского периода (рубеж VIII-VII вв. до н.э.).
В плане верхняя часть холма, занятая досасанидским поселением, имеет форму неправильной трапеции, обращенной узкой частью к морю, в сторону прохода, а более широкой — на запад, к Джалганскому хребту, одним из отрогов которого и является Дербентский холм, выступающий подобно мысу из основного горного массива. Благодаря этому расстояние между горами и морем здесь не превышает 3-3,5 км, что создаёт благоприятные условия для контроля над узкой прибрежной полосой Дербентского прохода-знаменитыми «воротами» Прикаспийского пути.
Северо-восточный угол этой трапеции несколько выдвинут в сторону прохода, как бы нависая над ним, что давало дополнительные выгоды при обороне данного участка и сильно превышало его стратегическое значение. Именно район холма лучше всего был укреплён как в древности, так и в средневековое время. Выгодное месторасположение холма, наличие многочисленных питьевых источников на его склонах и плодородие делало этот район местом хорошо приспособленным для возникновения поселения уже в глубокой древности, а стратегическая значимость Дербентского прохода способствовала раннему укреплению главных «ворот» Кавказа.
Исследования, проводимые здесь, позволили установить размеры существовавшего тут пункта. В персидский период (до VII века до н.э.), как и в эпоху бронзы поселение занимало северо-восточную часть холма и территория его равнялась 4-5 га, а скифское время обживалась вершина холма и размеры поселения достигали 14-15 га. Значительная часть этой территории, древнейшая часть поселения, помимо естественных преград была защищена мощными фортификационными сооружениями.
Археологическими раскопками установлена сплошная стратиграфия культурных напластований, достигающих в северо-восточной части холма, в районе цитадели 10 м. Установлена картина обживания этого района на протяжении нескольких исторических периодов, которые охватывали большой хронологический отрезок досасанидского существования цитадели.
Значительные прослойки угля и золы, внушительные зольники-следы многочисленных пожаров, отмеченные в культурных наслоениях, свидетельствует о нелёгкой судьбе данного укреплённого пункта, охранявшего важнейший путь из Юго-Восточной Европы в Переднюю Азию.
Несмотря на неоднократные разрушения и пожары территория Дербентского холма не запустела, и выявленный здесь населённый пункт продолжал интенсивно развиваться вплоть до сасанидских завоеваний, что доказывает военно- стратегическое значение укреплённого пункта и понимание его роли уже в глубокой древности.
Мощная фортификация, выявленная при раскопках дербентского холма в 70-80 годах XX века, доказывает, что задолго до проникновения Сасанидов в Дербентский проход и возведения ими оборонительных сооружений здесь уже существовали укрепления. Эти укрепления погребены под стенами раннесредневековой цитадели города и представляют собой мощную крепость, планировка которой позднее была полностью воспринята цитаделью города сасанидской поры.
Стены древней крепости были сложены из грубообработанного местного ракушечника крупного и среднего размеров, уложенного на глиняном растворе или насухо с земляной засыпкой. Кладка сохранилась в высоту до 1-2 м при ширине местами 6-7 м. Строительный материал, приёмы возведения и конструктивные особенности древнейших укреплений доказывают, что они являются памятником местного, дагестанского строительства.
Появление на Дербентском холме мощных укреплений, связанных со слоями VIII-VII веков до н.э., является ответной мерой на вторжение кочевников (походы киммерийцев и скифов). Вокруг этой крепости в скифское время начинает складываться крупное поселение, город албанского времени.
Ранний период градостроительства связан с эпохой Кавказской Албании. Культурные слои цитадели, относящиеся к этому периоду, в два раза превосходят по ширине слои предшествующих эпох. Новый этап подъёма относится к I-III векам н.э. Это был период бурных исторических событий на Кавказе, в которых цитадель играла значительную роль. Это было время экономического и политического укрепления государства Кавказская Албания, в состав которого входил Дербент.
В I-III веках н.э. увеличивается обживаемая территория за стенами крепости. В самой крепости строятся многокомнатные комплексы. Цитадель теперь становится особой частью городской территории, превращаясь из крупного опорного пункта, охранявшего «ворота», в значительный город албанской поры.
Эта крепость, а позднее город, охраняет на протяжении всего албанского периода важную дорогу в Западном Прикаспии, а «стражами» знаменитых «ворот» были местные дагестанские племена, входившие в этот период в состав Албанского царства.
С III века н.э. начинается период проникновения Ирана на Кавказ и попытки захватить Дербентский экспансии на проход и тянулась от моря до вершины Дербентского холма, где находилась цитадель, также возведённая из сырцового кирпича.
Дербентский проход является границей между народами Албании и кочевыми племенами савир, бумар, авар и другими, живущими за «воротами».
Дербентская сырцовая стена являлась первым этапом возведения подобных оборонительных сооружений, первой попыткой надёжно перекрыть знаменитый Прикаспийский путь. Распространив в конце IV-V веков свою власть на Кавказскую Албанию, Сасаниды полностью включили эти богатейшие области в состав своей державы. Однако окончательно закрепиться в V веке здесь они не смогли. Вернуть себе проход персы смогли только во время правления Кавада I (к V-VII вв.). Это был первый подъём сасанидской экспансии на Восточном Кавказе, начался второй период сасанидского строительства в Дербенте, завершившийся сооружением огромного оборонительного комплекса из камня, в который входили северная и южная стены города, горная стена с системой фортов и полуфортов. В «Дербент-наме» постройка фортификационных укреплений между персами и хазарами отмечается как очень важное событие в истории Ирана.
Окончательно Дербентский оборонительный комплекс оформляется при самом могущественном царе династии Сасанидов Хосрове I Ануширване (531-579 гг.). В 567 году возводятся каменные оборонительные стены. Сасанидская кладка хорошо прослеживается как в городских стенах, так и в цитадели. Она представляет собой два ряда крупных каменных плит, образующих наружную и внутреннюю грань стены, пространство между которыми заполнено забутовкой. Наружные облицовочные плиты очень хорошо подогнаны друг к другу и уложены без раствора, насухо, внутренняя забутовка скреплена известковым раствором очень высокого качества. Для прочного соединения плит облицовки с телом стены в кладке чередуются плиты, уложенные тычком и ложком. Древнейшая кладка состоит из однотипных, но не строго стандартных по форме плит: отдельные плиты притёсывались друг к другу уже в процессе строительства. Подобная конструкц ия стен помимо исключительной прочности придавала монументальную незыблемость и парадность.
Крепость становится оплотом Сасанидов на Кавказе, резиденцией иранских наместников-марзаканов, хранителей границ, местопребыванием его двора и гарнизона, админислративным, военно- политическим и культурным центром. Расположенная на высоком холме, она господствовала над узким проходоммежду морем иотрогами Джалганскош хребта. Мощные стены толщиной 2,5-3,5 м, достигающие на отдельных участках высоты 20-25 м, делают её неприступной крепостью, способной выдержать тяжёлую и длительную осаду.
С VII века Дербент включается в торгово-экономическую и политическую сферу деятельности Арабского Халифата, цитадель становится резиденцией наместника халифа. Фортификация поддерживается в образцовом порядке.
В X-XI веках Дербент становится центром независимого эмирата, а крепость — резиденцией эмиров. Цитадель окончательно становится частью большого развитого средневекового города (динамика развития прослеживается с раннесредневекового периода, когда вокруг древнего ядра — цитадели — происходит сложение города).
В начале ХУЛ века цитадель была превращена в самостоятельную крепость, которая являлась не только частью общей оборонительной системы — оплотом Персии на её северных границах, но и защищала персидский гарнизон от враждебно настроенного местного населения.
В 1722 году во время персидского похода в Дербенте побывал Петр I, который осмотрел фортификационные сооружения Дербента и дал указания для изучения этих памятников. Город был присоединён к России. Здесь был оставлен гарнизон. В 1735 году город возвращён Персии.
Во второй половине ХУШ века Дербентский хан Фатали сооружает в цитадели дворец и превращает его в свою резиденцию, недоступную для жителей города. 10 мая 1796 года город был взят генералом В.А.Зубовым.
В 1811 году военным министром Карповым был создан генеральный план развития города, по которому предполагалось полностью сохранить старую часть города. Затем руководство разработкой генерального плана перешло в руки Ермолова, посетившего Дербент в 1820 и 1824 годах. Он дал приказание разработать проект с учётом расширения улиц старого города и созданием там площадей. Сплошная система криволинейных улиц с тупиковыми ответвлениями заменялась жёсткой прямоугольной сеткой.
В 1860 году была упразднена и Дербентская крепость, в связи с чем из цитадели был выведен гарнизон.
На территории цитадели выявлены остатки дворцовых комплексов различных периодов: у восточной стены албанского времени; сасанидского и арабского. Сохранились руины дворцовых сооружений Дербентского хана (2 пол. XVIII века): подземное сооружение «каменный мешок» (тюрьма для ханских узников), прямоугольное каменное водохранилище (находится полностью под землёй).
Сводчатые бани XVII века — заглубленное в землю сводчато-купольное сооружение.
Офицерская гауптвахта (XIX века) — построена в 1828 году для русского гарнизона генерала Ермолова.