Шамиль сын аварского узденя кузнеца — Денгав-Магомеда и дочери аварского бека Пир-Будаха — Баху-Меседы. Родился Шамиль в селении Гимры (Генуб) общества Хиндалал Аварии (Аваристан- ныне Унцукульский район, западный Дагестан) 26 июня (7 июля) 1797 года, по мусульманскому календарю первого числа месяца Мухаррам, то есть в первый день Нового года. Имя ему дано было в честь деда — Али. В детстве много болел, и родители согласно поверьям дали ему новое имя — Шамиль (Шамуил — «Услышанный богом»), в честь дяди (брата матери).
Мальчику в честь деда дали имя Али. Ребёнком он был худ, слаб и часто болел. По народному поверью горцев в подобных случаях предписывалось переименовать ребёнка. Ему решили дать имя «Шамиль» в честь дяди, брата его матери. Маленький Шамиль начал поправляться и впоследствии сделался крепким, здоровым юношей, изумлявшим всех своей силой. В детстве отличался живостью характера и резвостью, был шаловлив, но ни одна шалость его не была направлена кому-нибудь во вред. Гимринские старики рассказывали, что Шамиль в молодости отличался угрюмой наружностью, непреклонной волей, любознательностью, гордостью и властолюбивым нравом. Шамиль страстно любил гимнастику, он был необыкновенно силён и отважен. Никто не мог догнать его на бегу. Пристрастился и к фехтованию, кинжал и шашка не выходили из его рук. Летом и зимой, во всякую погоду, он ходил с босыми ногами и с открытой грудью. Первым учителем Шамиля был друг его детства Адиль-Мухаммад (Кази-Магомед, Кази-мулла), родом из Гимры. Учитель и ученик были неразлучны. Серьёзным учением Шамиль занялся с двенадцати лет в Унцукуле, со своим наставником Джамалутдином Кази-Кумухским. В двадцать лет он окончил курсы грамматики, логики, риторики, арабского языка и начал курсы высшей философии и законоведения.
Проповеди Гази-Мухаммада, первого имама и проповедника «священной войны» — оторвали Шамиля от книг. Новое мусульманское учение Гази-Мухаммада — «Мюридизм«, распространялось быстро. «Мюрид» значит ищущий путь к спасению. Мюридизм не отличался от классического Ислама ни в обрядах, ни в учении.
Осажденный вместе с имамом Гази-Мухаммадом в 1832 году войсками под начальством барона Розена в башне близ родного селения Гимры, Шамиль успел, хотя и страшно израненный, пробиться сквозь ряды осаждающих, тогда как имам Гази-Мухаммад, первым бросившийся в атаку, погиб.
Став третьим имамом Чечни и Дагестана Шамиль 25 лет объединяет горцев Дагестана и Чечни, успешно борясь против количественно превосходивших его российских войск. Менее торопливый, чем Гази-Мухаммад и Гамзат-бек, Шамиль обладал военным талантом, и главное, большими организаторскими способностями, выдержкой, настойчивостью, уменьем выбирать время для удара. Отличаясь твёрдой и непреклонной волей, он умел воодушевлять горцев к самоотверженной борьбе, но и принуждать к повиновению своей власти, которую он распространил и на внутренние дела подвластных общин, последнее для горцев и особенно чеченцев было тяжело и непривычно.
Шамиль соединил под своей властью все общества Западного Дагестана (аваро-андо-цезские джамааты и чеченские). Опираясь на учение ислама о газавате, трактуемом в духе войны с неверными и приложенной к ней борьбе за независимость, он старался объединить разрозненные общины Дагестана и Чечни на почве ислама. Для достижения этой цели, он стремился к упразднению всех порядков и учреждений, основанных на вековых обычаях — адат; основой жизни горцев, как частной, так и общественной, он сделал шариат, то есть основанную на тексте Корана систему исламских предписаний, применяемую в мусульманском судопроизводстве. Время Шамиля называлось у горцев временем шариата, его падение — падением шариата. Вся подчинённая Шамилю страна была разделена на округа, из которых каждый находился под управлением наиба, имевшего военно-административную власть.
Заключение Парижского мирного договора 1856 года позволило России сосредоточить против Шамиля значительные силы: Кавказский корпус был преобразован в армию (до 200 тысяч человек). Новые главнокомандующие — генерал Николай Муравьев (1854-1856) и генерал Александр Барятинский (1856-1860) продолжали сжимать кольцо блокады вокруг имамата. В апреле 1859 года пала резиденция Шамиля — аул Ведено. А к середине июня были подавлены последние очаги сопротивления на территории Чечни.
После того, как Чечня была окончательно присоединена к России, война продолжалась ещё почти пять лет против адыгов (черкесов). Шамиль с мюридами бежал в дагестанский аул Гуниб.
25 августа 1859 года Шамиль вместе с 400 сподвижниками был осаждён в Гунибе и 26 августа (по новому стилю — 7 сентября) сдался в плен на почётных для него условиях
15 сентября в Чугуеве происходит первая встреча Шамиля и императора Александра II. 22 сентября Шамиль прибыл в Москву, где на следующий день встречается с генералом Ермоловым. 26 сентября — в Санкт-Петербург, через три дня в Царском Селе он был представлен императрице Марии Александровне. После приема в Петербурге императором Александром II Шамилю была отведена для жительства Калуга, куда он прибыл 10 октября, 5 января 1860 года в туда же прибывает его семья. При нём было поручено состоять знатоку арабского языка генералу Богуславскому 28 апреля — 1 мая Шамиль встречается со своим бывшим наибом Мухаммад-Амином, который остановился в Калуге по пути в Турцию.
29 июля 1861 года в Царском Селе происходит вторая встреча Шамиля с императором. Шамиль попросил Александра II отпустить его в хадж, но получил отказ.
26 августа 1866 года в парадной зале Калужского губернского дворянского собрания Шамиль вместе с сыновьями Гази-Магомедом и Магомедом-Шапи принес присягу на верноподданство России. В том же году Шамиль был гостем на свадьбе цесаревича Александра, тогда же происходит третья встреча с императором. 30 августа 1869 года Высочайшим Указом Шамиль был возведён в потомственное дворянство.
В 1868 году, зная, что Шамиль уже немолод и калужский климат не лучшим образом сказывается на его здоровье, император решил выбрать для него более подходящее место, каковым стал Киев, куда Шамиль переехал в ноябре — декабре того же года. 16 февраля 1869 года Александр II разрешил ему выехать в Мекку для паломничества. 12 мая Шамиль с семьёй выехал из Киева. 19 мая — прибыл в Стамбул. 16 ноября — принял участие в открытии навигации на Суэцком канале. 20 ноября — прибыл в Мекку. В конце марта 1870 года, после совершения хаджа, Шамиль посетил Медину, где и скончался 4(16) февраля 1871 года. Похоронен в Медине на кладбище аль-Баки (ныне Саудовская Аравия).