В 735 г. арабский полководец Маслама-бен-Абдул-Малик овладел Дербентом, захваченным к этому времени хазарами.
Арабы восстановили дербентские укрепления, построили цистерны для воды, продолжили в море мол, протянув у входа в гавань цепь, преграждавшую неприятельским кораблям подход к городу. Население Дербента было обращено в мусульманство, а город (как и крепости вдоль Горной стены) заселен арабскими переселенцами. При арабах Дербент становится центром распространения ислама в Дагестане и важнейшей крепостью на северной границе Арабского халифата.
В начале X в., после распада Арабского халифата, на Восточном Кавказе появляется ряд самостоятельных феодальных образований. Дербент оказался во власти династии Хашимидов, зависящей от Ширвана. В этот период, когда исторические судьбы Южного Дагестана оказались тесно переплетенными с судьбами Ширвана, Дербент испытал на себе политическое, экономическое и культурное влияние Ширвана.
После распада Арабского халифата Дербент потерял свою роль пограничной крепости крупного государства, превратившись в центр небольшого феодального владения. Это не могло не отразиться и на характере строительства в городе. Основное внимание уделялось уже не столько поддержанию всей грандиозной системы оборонительных сооружений, сколько укреплению и украшению самого города и особенно его цитадели, где помещалась резиденция правителя города. В это время Дербент был цветущим городом, центром торговли на Каспийском море.
В 1067 г. в Южном Дагестане появляются турки-сельджуки, господство которых с перерывами продолжалось до XII в.
С середины XII и до начала XIII в. Дербент и окружающая его территория входили в самостоятельный эмират.
В 1239 г. Дербентом овладевают татаро-монгольские завоеватели, которые в первой половине XIII веке дважды разоряют Южный Дагестан. Во второй половине XIII в., после распада единой монгольской империи, на территории Южного Дагестана (в районе Дербента) проходила граница государства ильханов и Золотой Орды, которые часто превращали Южный Дагестан в арену кровавых столкновений. К этому времени относится одно из первых описаний Дербента европейцами. Посол Людовика IX в Монголию, монах Гильом де Рубрук, посетил Дербент в 1253 г. и оставил такое описание Дербента; «Это город, восточная оконечность которого находится на берегу моря, и между морем и горами имеется небольшая равнина, по которой тянется самый город вплоть до вершины горы, прилегающей к нему с запада; таким образом, выше нет никакой дороги из-за непроходимых гор, а ниже нельзя пройти по причине моря, и дорога лежит единственно прямо по середине города поперек, где находятся Железные Ворота, от которых назван город. Он имеет в длину более одной мили, а на вершине горы стоит крепкий замок; в ширину город простирается на полет большого камня. Он окружен крепчайшими стенами без рвов, с башнями, построенными из больших обтесанных камней. Но татары разрушили верхушки башен и бойницы стен, сравняв башни со стеною».
В 1395-1396 гг. Дагестан подвергся нашествию войск Тимура. В конце XIV века Дербент вновь попадает под власть ширваншахов. Город становится одним из важнейших центров Ширвана и пользуется политической самостоятельностью. Восстанавливаются городские укрепления, строятся новые мечети. Однако ширваншахи были не в состоянии поддерживать дорогостоящие искусственные сооружения дербентской гавани. Они разрушаются, и город постепенно теряет свое значение в морской торговле, центром которой становится резиденция ширваншахов Баку, где имелась удобная естественная гавань.
В начале XVI в. Дербент был присоединен к Персии. В борьбу за Дербент в этот период вступает Турция (причем на помощь турецким войскам с севера не раз приходили крымские татары). В 1578 г. турки овладели городом.
В 1606 г. персидский шах Аббас I, разбив турок, вновь овладел Ширваном и Дербентом. Он восстановил все крепостные сооружения города, причем местами стены пришлось возводить заново. Старые морские стены, препятствовавшие обходу города со стороны моря, к этому времени были разрушены, и караваны могли обходить город вдоль берега моря. Чтобы воспрепятствовать этому, Аббас I сооружает в норе, недалеко от берега, большую башню, соединенную северной городской стеной. В самом городе были возведены также две поперечные стены, разделившие его по длине на три части (цитадель была четвертой). Большие работы проводились и по улучшению водоснабжения города: сооружены водопровод, сеть водоразборных фонтанов и резервуар для воды. Из Персии в Дербент было переселено 400 семейств.
Эти исторические сведения о строительной деятельности шаха Аббаса I в Дербенте подтверждаются первым известным изображением города, выполненным Адамом Олеарием, посетившим Дербент в 1638 г. В своей книге «Описание путешествия в Московию и через Московию в Персию и обратно», первое издание которой вышло в 1647 г., Олеарий дает подробное описание Дербента.
Дербент, пишет Олеарий, «тянется своими постройками в длину с 3 к В на полмили, а в ширину с С к Ю от одних во- 32 рот до других всего 450 шагов… Он простирается от гор до моря, так что волны иногда бьют высоко об стены, а то и ударяют в них сверху. Город этот, таким образом, замыкает путь, идущий между морем и непроходимыми горами, и является здесь как бы ключом и железными воротами персидского царства… Никто не может пройти в этой местности, не заходя в этот город.
Обе стены стоят на скалах, как ведь и все побережье у Дербента исключительно скалистое, так что корабельщикам здесь останавливаться неудобно и опасно».
Русское государство уже в XVI в., укрепив свои позиции на Волге завоеванием Казанского и Астраханского ханств, завязывает непосредственные торговые отношения с Кавказом. Начиная с этого времени появляется все больше сведений о Дербенте, сообщаемых проезжавшими через город русскими купцами и послами к персидскому шаху.
Так, например, побывавший в Дербенте в 1614 г. Шушерин сообщает, что правитель города жил в цитадели во дворце.
Федот Афанасьевич Котов, московский купец, посетивший город в 1623 г., писал:
«Дербент — укрепленный белокаменный город, только малонаселенный. Один конец города уходит в горы, другой доходит до моря. Длина города больше трех верст, а ширина саженей триста; город перегорожен поперек каменными стенами в двух местах, так что получается три города. Рассказывают, что тридцать башен этого города затопило море, и теперь еще одна большая крепкая башня стоит в воде. От Дербента через горы к Черному морю, в Турецкую землю, когда- то была выстроена каменная стена. Все посады находятся в крепости, а за ней — отводные каменные башни».
В XVII в. на Кавказе сталкиваются интересы России, Персии и Турции. В начале XVIII века Турция, воспользовавшись ослаблением Персии в результате начавшихся в стране междоусобных войн, готовилась к захвату каспийских областей Кавказа. Это заставило Петра I, прекрасно понимавшего значение этих районов для торговли России с Востоком, выступить в поход на Кавказ.
В 1722 г. Дербент был без боя взят русскими войсками под командованием Петра I, но в 1735 г. русские войска ушли из прикаспийских областей Кавказа и Дербент вновь попал в зависимость от Персии. Однако положение Персии в Дагестане было непрочным, в горах борьба против персидских захватчиков приняла такой размах, что Надир-шах был вынужден дважды (в 1741/42 и 1744 гг.) предпринимать походы в Дагестан.
Смерть Надир-шаха в 1747 г. привела к распаду Персии на ряд самостоятельных владений. Обрели самостоятельность и прикаспийские области Кавказа.
На карте Восточного Кавказа вновь появляется самостоятельное феодальное владение — Дербентское ханство. Однако один из сильнейших феодалов Восточного Кавказа, кубинский хан Фет-Али (1758-1789), овладел Дербентом, женился на сестре уцмия Кайтагского (одного из местных дагестанских феодалов) Тути-Бике и сделал ее правительницей города. Фет-Али-хан вел непрерывные войны с феодальными владетелями Азербайджана и Дагестана, стремясь объединить под своей властью Восточный Кавказ. Он овладел рядом других ханств и превратил в свою основную резиденцию Дербент.
Во второй половине XVIII веке Россия утвердилась на Северном Кавказе и приняла под свое покровительство христианское Закавказье. Мелкие ханства Восточного Кавказа, большая часть которых была объединена под властью Фет-Али-хана, оказались фактически внутри российских владений. Дагестан (в том числе и Южный) все больше сближается с Россией, несмотря на то, что борьбу за восточные области Кавказа продолжает вести Турция, а в конце XVIII века в эту борьбу вновь включается Иран.
В 1791 г. дербентским ханом становится Ших-Али, который вел сложную политическую игру, ведя одновременно переговоры с Россией, Ираном и Турцией.
В 1796 г. в ответ на погромное нападение персидского Ага-Махомед-шаха на Грузию русские войска выступили в поход против Ирана и после девятидневной осады взяли Дербент, 35 однако в том же году (после смерти Екатерины II) русским войскам на Кавказе было приказано прекратить военные действия и оставить территорию Южного Дагестана. После их ухода Ших-Али-хан вновь овладел Дербентом.
В 1806 г. город Дербент был окончательно присоединен к России.